Die Universität Konstanz ist in beiden Förderlinien der Exzellenzstrategie des Bundes und der Länder erfolgreich. Bereits seit 2007 wurde sie in allen drei Förderlinien des Vorläuferwettbewerbs, der Exzellenzinitiative, gefördert. Sie stellt ein weit verzweigtes Netzwerk an Forschungseinrichtungen dar. Darüber hinaus arbeiten an der Universität Konstanz viele Sonderforschungsbereiche, Forschungsinitiativen, -gruppen, und -zentren.